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キッドとコナンはライバルではなく仲間！？二人の活躍で飛行機の墜落を止められるか！？
毛利小五郎は舞台女優の牧樹里から、怪盗キッドの予告状を送られたことについて依頼を受ける。
近々開催される舞台において、キッドがナポレオン役に変装して宝石を盗むと考え、一行は舞台が開催される劇場に向かう。
そこにはなんと、新一に変装したキッドの姿があった。逃走したキッドを追うも、取り逃がしてしまう。
翌日コナンたちは牧の別荘で行われる打ち上げに招待され、俳優の成沢文二郎、田島天子、俳優で演出家の伴亨、牧のマネージャーの矢口真佐代、牧のヘアメイクの酒井なつき、新庄功とともに飛行機に搭乗する。
そこでなんと、牧が毒殺されてしまう。
牧は自分の顔についた毒が手に付着し、チョコレートを食べた後に指をなめてしまい、その毒により殺害されたのだ。
犯人は突き止めたものの、事前に牧野の手を触った機長と副操縦士も間接的に毒に侵されてしまった。
命に別状はなかったものの、飛行機の操縦が不可能になってしまう。
新庄は実はキッドの変装であり、キッドとコナンで操縦することでなんとか持ち直した。
しかし燃料もなくなり、キッドは変装を解いて逃げ出してしまう。
果たしてい飛行機は無事に着陸出来るのか？
キッドは怖気づいて逃げてしまったのか？それとも何か策があってその場を離れたのか？
キッドとコナンは決して敵ではなく、今後の関係が垣間見れるミステリーが今始まる。