見ているうちにどんどん物語に引き込まれる！
テレビアニメの続編。アビスという地面に何層にも分かれて空いた大穴を探掘家見習いであるナナチ・リコ・レグの三人で協力して、今まで見たことのない遺物や潜ったままで行方不明となっているリコの母親を最下層まで探しに行くお話です。
尚、このアビスの大穴にはアビスの呪いといって一層潜るごとに返ってくる負荷があり、一層目は軽いめまいや吐き気などで済みますが、二層目三層目になると嘔吐や体中の穴という穴から血が出てくるという、生命維持に関わって来るほどの負荷がかかります。一見かわいらしい子供たちの冒険かと思いきやその可愛らしい作画とは裏腹に劇場版はしっかりとR15指定だったりします。
深き闇の黎明はそんな三人が第五層の施設に到着してナナチの昔の知り合い・天才科学者のボンドルドとその娘である、三人と同じ年ごろくらいの女の子プルシュカに歓迎されるところから始まります。第五層の施設から第六層まで行くには特殊な装置があり、彼に装置の動かし方を教えてもらう必要がありました。
実はこの知り合いボンドルドが泣く子も黙らすほどのサイコパス化学者で、化学進歩や疑問解明のために非人道的な人体実験も行っている（プルシュカは知らない）。そんな彼が、探掘家見習いが本来来れるはずのない五層までたどり着いたことに興味を持たないはずがないのだ。「今日は疲れたでしょう。止まっていきなさい、簡易な食事と休める寝床を用意してあります。ゆっくりとしていってください」との言葉に甘えて泊まることにした三人、案内役のプルシュカの明るさに気を緩めてたくさん冒険の話をしているうちに寝てしまいます。ふと目が覚めるとリコしか部屋にいません。みんな、トイレかな？と思ったリコはトイレへ向かいますが…ここから物語は大きく動き出します。
果たしてレグやナナチはどこに行ってしまったのか、ボンドルドとナナチの過去とは、三人は六層まで無事にたどり着けるのだろうか…！！