オーキド博士

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マサラタウンに住む世界的権威のポケモン博士であり、ライバルの祖父でもある。
主人公とライバルの二人へポケモン図鑑の完成を託す。

ナナミ

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オーキド博士の孫娘でライバルの姉。
ライバルからタウンマップを主人公には渡すなと、釘を刺されたにもかかわらず渡してくれる優しい性格の持ち主。
また、リメイク版である『ファイアレッド・リーフグリーン』では殿堂入り後にポケモンのなつき度を高める毛づくろいをしてくれる。

マサキ

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コガネ弁(関西弁)を話す、岬の小屋に住むポケモンマニア。『ポケモン預かりシステム』の開発者。

ロケット団

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ポケモンを悪事に利用し、各地で事件や破壊活動を引き起こす、世界征服をたくらむ秘密結社。
『R』の文字がトレードマーク。
ボスはトキワシティのジムリーダーでもあるサカキ。

『青』バージョン

『青』バージョンはポケモンのグラフィックや図鑑の内容が『ポケットモンスター 赤・緑』の物から変更されており、ゲーム内でのNPCと交換しないと手に入らないポケモンが野生で出現するように変更されている。
シナリオ部分などの変更はない。

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左が『ポケットモンスター 赤・緑』の図鑑でのピカチュウ。右が『青』バージョンの図鑑でのピカチュウ。

『ピカチュウ』バージョン

ピカチュウバージョンに限り、最初のパートナーポケモンは選択式ではなくピカチュウに固定されている。
鳴き声も特別仕様となっており、アニメ版のピカチュウの声優のものをゲームボーイ音源で再現している。
パートナーポケモンであるピカチュウはアニメと同じく常にモンスターボールから出た状態で連れて歩くことができ、そのピカチュウに話しかけると豊富なバリエーションの表情や鳴き声を見せてくれる。
また今作はアニメポケットモンスターの要素を取り入れたものとなっており、ストーリーも若干のアレンジがされ、アニメでお馴染みであるロケット団の団員のムサシ、コジロウ、ニャースなども登場している。

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パートナーポケモンであるピカチュウを『ポケットモンスター ハートゴールド・ソウルシルバー』(『ポケットモンスター 金・銀・クリスタル』のリメイク作品)のように連れて歩くことができる。

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アニメに登場するロケット団員の二人(ムサシ・コジロウ)も専用のグラフィックで登場する。

リメイク版『ファイアレッド・リーフグリーン』

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『ポケットモンスター 赤・緑』をゲームボーイアドバンス用ソフト『ポケットモンスター ルビー・サファイア』のシステムをベースにリメイクしたもの。
ストーリーは大幅な変更などはないが、主人公を男女から選択できるようになり、これに伴い男女の違いでセリフも若干調整されたり、一部シナリオが修正されている部分がある。

リメイクにおける追加・変更点

ゲームシステムが『ポケットモンスター ルビー・サファイア』を準拠に変更されており、ポケモンのステータスに『とくせい』や『ダブルバトル』の導入、旧作にはなかったポケモンのタイプやわざ、アイテム、ランニングシューズ(ダッシュ)などが追加されている。
今作には『ヘルプ機能』が追加されており、LかRボタンでいつでも開くことができる。
『あらすじ』がゲームを再開するたびに表示され、セーブを行いゲームを終了するまで何をおこなったか、確認することができるようになっている。
また、『おしえテレビ』というアイテムを入手することで、ゲームを遊ぶためのの基礎知識であるポケモンの捕獲方法、相性などをいつでも確認できる。
出現するポケモンも一部変化しており、『赤』もしくは『緑』のみで出現するポケモンや、ポケモンの分布、出現率が変更されている。

追加マップに『ナナシマ』という七つの島でのストーリーが追加されている。
『ナナシマ』ではゲームボーイアドバンス専用であるワイヤレスアダプタで遊ぶための施設や、2匹のポケモンを同時に預けられる育て屋などもある。
また、カントー地方には登場しない『ポケットモンスター 金・銀』のポケモンが多く出現するマップでもある。